売上/仕入等の計上時期(期ズレ)/計上漏れ
税務調査で最初に見られるのが売上関係です。今期の売上としておかないといけないものを翌期以降にズラして計上していないか、または、売上そのものを除外していないかを確認します。売上帳の中身と領収書や検収書とを見ながら売上計上時期が正しいかどうかをチェックします。仕入については、架空仕入はないか、または翌期の仕入の繰上げ計上がないかなどをチェックします。

棚卸在庫の原始記録の確認/原価計算の方法/評価損、廃棄損の妥当性
棚卸資産の実地棚卸の状況を確認するため、まず実地の際に使用した在庫の原紙記録を基に、どのように期末棚卸高を算定したか確認します。また、仕入れ先や外注先などに預けているいわゆる預け在庫の有無の確認を行います。
評価損の計上をしている場合には、その評価損の計上となった品質低下や陳腐化等の原因と根拠が明確になっているかチェックします。
廃止損の計上をしている場合には、実際に棚卸資産を廃棄したかどうか、決算日までに廃棄されたのか原紙記録から確認を行います。

人件費の実態確認/架空人件費/決算賞与の費用計上の妥当性 外注費の混在
従業員の中には、一定の年収の範囲内で働くことを希望する人がいます。そのため、年収がその範囲を超えたときにその超えた部分を勤務実態のない人に給料を支払ったとか、架空の人権気を計上している場合があります。そのため人件費の実態確認をし、架空人件費がないかをチェックします。
決算賞与の支給をした場合には、費用の計上要件を満たしているかチェックします。
従業員を外注扱いにすることによる源泉所得税の徴収義務違反をしていないかもチェックします。

役員報酬の支払い方法/使用人兼務役員に対する給与/経済的利益(現物給与)の有無/退職金の金額の妥当性
役員報酬については、毎月同額支給を行っているか、金額の変更時期や変更理由が一定の要件を見たしているか、事前に届け出を行った給与の支給かどうかなどチェックします。
また、取締役営業部長など使用人としての職務を兼任している役員についてはその実態調査を行います。
役員に対して退職金を支給している場合には、元役員の功績や勤続期間に対して適正な支給額かどうかをチェックします。

現物給与への該当の可能性/貸倒損失の妥当性/未払金等の内容確認
架空経費の計上の有無の確認はもちろん、例えば役員がプライベートで購入した品物を経費として計上するいわゆる現物給与の支払いがないかを確認します。
貸倒損失を計上している場合には、相手方の事情がわかる書面の有無や債権の回収努力を行った結果、回収不能となったことがわかる書類があるか確認します。
経費は期末までに債務が確定したものに限られますので、未払金に計上した経費についてその経費の請求書に記載された日付が期末よりも前になっていないかを確認します。

取得価額、付随費用の取り扱い/除却、売却の有無 資本的支出と修繕費の区分
固定資産を取得している場合には、その資産に計上した取得価額が正しいかどうかを確認します。取得価額とすべき設置料金などの付随費用が取得価額から漏れていないかをチェックします。
除却してる場合には、期末までに実際に除却されているか、売却の場合には、売却代金が時価相当額であるか、売却は当期中に行われたかなど契約書で確認します。
修繕費の計上がされている場合には、資産計上すべき資本的支出に該当しないかその金額と取引内容を確認します。

現預金残高と出納記録、小切手類との照合
現金残高が現金出納帳と一致しているか確認します。合っていないと管理状態に問題があると判断されます。預金通帳の残高も同様です。
個人事業主の場合、預金通帳が事業だけでなくプライベートのものも記録されている場合があります。そのため、プライベートの経費が混同されていないが確認を行います。また、売上の計上額と入金が一致しているかチェックします。

日々の現金の変動がわかる資料の作成 個人名義の通帳や印鑑の混同には注意しましょう