税理士に税務調査の立ち会いを依頼するメリットは？よくある質問や税務調査のリスクについても詳しく解説！

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税務署から税務調査の通知がきたら、多くの個人事業主は不安に感じるでしょう。

税務調査は法人だけでなく、個人事業主に対してもおこなわれます。令和4年度に実施された個人事業主に対する税務調査（実地調査）は、4万6,306件です。法人は約6万2千件であるため、特別、個人事業主が少ないわけではないのです。

税理士に立ち会いを依頼すると、税務調査の不安を大幅に解消できます。税務調査に不安を感じる方はぜひ最後までお読みいただき、税理士へ立ち会いを依頼するかどうかの検討の際にお役立てください。

税務調査で税理士に立ち会ってもらうメリット

前述のとおり、税務調査は法人だけでなく個人事業主に対しても実施されます。

個人事業主の申告納税者数653万4,000件のうち、4万6,306件が調査対象となっているので「約0.7％」の割合です。

少ないように感じるかもしれませんが、税務調査が実施されている以上、対策を講じることが重要です。

ここでは、税務調査で税理士に立ち会ってもらうメリットについて解説します。

調査官の質問等に正確に対応できる

税務調査では、調査官からさまざまな質問を受けます。しかし、税務に関する専門知識が乏しい場合は、質問に対して正確に答えるのは難しいかもしれません。

特に、事業を始めたばかりのときや、経理や事務の実務に深く関わっていない経営者の場合は、税法上の観点から適切に回答するのは容易ではないでしょう。

ここでは、固定資産の取得について、調査官から質問を受けた場合を考えてみましょう。

多くの事業主や経理担当者は、固定資産の購入日や金額、修繕した内容などの事実関係については説明をすることができます。しかし、減価償却方法や経費計上の適切性など、税務上の判断については、回答に困ることが多いでしょう。

このような場合、税理士が同席していれば、税法に基づいて適切な説明をすることができるため、調査官の質問にスムーズに対応できます。

また、税務調査では、明確な回答ができなかったり、根拠を示せなかったりした場合、計上した経費が認められず却下されることがあります。その場合、本来納めるべき税金に加えて、加算税などの追加納税（追徴課税）を支払わなければなりません。

こういった事態を回避するためにも、専門家である税理士に立ち会ってもらうことが望ましいでしょう。

事前の書類準備から助言してもらえる

税務調査では、調査官から決算書や申告書などの書類の提示を求められますが、必要な書類がわからないと、準備に時間がかかります。

その点、税理士に依頼すれば、事前に必要な書類のチェックや、書類の整理・準備についてアドバイスしてもらえます。税理士は、過去の調査実績から必要な書類を熟知しているため、効率的な準備ができるでしょう。

また、調査に適した書類の準備方法についても、助言を得られます。たとえば、取引ごとに付箋を付けるなど、調査官にわかりやすい形で書類を準備することで、調査がスムーズに進むでしょう。

想定される質問などのアドバイスをもらえる

税務調査では、売上や経費、消費税などについて、さまざまな質問を受けます。事前にどのような質問が来るかがわかれば、安心して調査に臨むことができるでしょう。

税理士は、過去の調査事例に基づき、想定される質問とその回答ポイントを把握しています。そのため、質問に適切に答えられるよう、事前に準備をすることが可能です。

なお、税務調査でよくある質問例については後述しますので、ぜひ参考にしてください。

調査時間を短縮できる

通常、税務調査は2日程度で終了しますが、不審な点が多かったり、事業主の説明に時間がかかったりすると、調査が長引くことがあります。

しかし、税理士に立ち会ってもらうことで調査官との応答がスムーズに進むため、調査時間の短縮が期待できます。事前に税理士と打ち合わせをおこない、必要書類の準備や質問への回答ポイントを確認しておくとよいでしょう。

具体的には、以下の準備をすることで、無駄な時間を省くことができます。

• 税務記録を整理する
• 経費の根拠を明確にしておく

調査時間が長引けば、その分、事業への影響も大きくなるため、調査時間の短縮は大きなメリットといえるでしょう。

安心感が持てる

税務調査は、多くの個人事業主にとって不安なものです。しっかり帳簿をつけていたとしても、「間違いがあるかもしれない」と不安に思うでしょう。

しかし、専門家である税理士に立ち会ってもらうことで、安心して調査に対応できます。調査の流れや調査官への対応の仕方、必要書類の準備方法など、専門家の視点から適切なアドバイスをもらえるため、冷静に対応できるでしょう。

修正申告を依頼できる

税務調査は、以下の流れでおこなわれます。調査の結果、過去の申告に誤りがあることが判明した場合は、修正申告が必要です。

税理士には、調査後に修正申告の手続きを代行してもらうことも可能です。

申告内容の確認や計算、必要書類の準備などの手続きを代行してもらえるため、煩雑な作業から解放されるほか、自分で修正申告をおこなうよりも正確性が高まります。

また、修正申告の内容について、税理士からアドバイスを受けられるのも大きなメリットです。「なぜ指摘を受けたのか」や「今後どのような点に注すべきか」などについて具体的な助言を受けることで、日々の業務に役立てることができます。

どのような事業者に税務調査が入る？

税務調査は、特定の事業者を狙っておこなわれるわけではありません。しかし、次のような特徴がある事業者に、より注目が集まる傾向にあります。

過去の申告で指摘を受けている

過去に税務調査で何らかの指摘を受けた事業者は、再度、調査対象になりやすいといわれています。

たとえば、経費の計上に問題があったり、消費税の申告漏れを指摘されたりした事業者は、再調査の対象になる可能性が高くなります。これは、前回指摘された部分が適切に改善されているのかを確認するためです。

したがって、指摘事項への適切な対応と再発防止策を講じておくことが重要になります。

申告していない

そもそも申告していない事業者は、調査の対象になりやすいといえます。

「申告していないのになぜバレるのか？」と、疑問を抱く方がいるかもしれません。無申告が判明する理由は、取引相手の申告内容からこちらの売上が推測されるケースがあるためです。

また、税務署は、取引先の申告内容と自社の申告内容に整合性がなければ、調査の必要性があると判断することがあります。適切に納税していなければ税務調査の対象となりやすいため、注意しましょう。

なお、取引関係以外にも、第三者からの密告によって無申告が発覚することもあるようです。そのため、税務調査を回避するためには、正しい申告をおこない、必要書類を適切に管理する必要があります。

課税売上が1,000万円に近い

個人事業主の場合、課税売上高が1,000万円に近いと、調査の対象になりやすくなります。

その理由は、課税売上高が1,000万円を超えると消費税の納税義務が発生するため、「故意に消費税を逃れようとしているのではないか」と疑われるためです。

万一、故意と判断されれば、仮装隠ぺいがあったとして35～40％の重加算税が課される可能性があります。

なお、「正確に申告した結果、課税売上が900万円程度だった」という場合でも調査対象とされやすいですが、隠ぺいなどがなければ問題ありませんので冷静に対応しましょう。

経費が過大などの不審な点がある

経費の計上に何か不審な点があると、税務調査の対象となりやすくなります。具体的には、以下のケースが考えられます。

• 前年より、経費が大幅に増えている（または減りすぎている）
• 同業他社と比べて明らかに利益率が低い
• 交際費が少ない業種（例:卸売業など）で多額の交際費が計上されている

このように、経費の内容に疑義があると、帳簿管理に問題があるのではないかと疑われることがあるのです。

なお、国税庁は、国税総合管理（KSK）システムを使い、納税者の申告情報を分析しています。KSKシステムは、全国の国税局と税務署をネットワークで結び、申告・納税の情報などを入力することで国税債権などを一元的に管理するものです。

このシステムにより、税務調査の対象を選定しているといわれていますので、売上や経費の情報から税務調査が入る可能性がある点をおさえておきましょう。

個人事業主は税務調査で何を見られる？

税務調査では、さまざまな書類の確認がおこなわれます。

税務調査では、事前に調査の対象となる税目や課税期間、調査の目的などが通知されますが、保存しておくべき帳簿や書類がない場合は違反となるため注意が必要です。

ここでは、個人事業主における調査のポイントについて解説します。

決算関連書類一式

決算関係の書類には、たとえば以下のようなものがあります。

これらの書類を調査する目的は、売上や経費、利益などの申告内容が適切かどうかを確認するためです。具体的には、「売上の計上漏れがないか」や「経費の計上が過大ではないか」といった点が重点的に確認されるでしょう。

この他にも、以下の帳簿も準備しておくことで詳細な説明ができます。

取引に関する各書類

取引先とのやり取りに関する書類により、日々の取引の事実関係について調査されます。具体的には、以下のようなものがあります。

これらの書類により、「取引先との売上計上の整合性」や、「領収書に基づく経費計上が適切かどうか」などについて調査されます。

上記の書類をすべて用意するのは大変な作業ですが、日頃から準備しておけば、調査の際にスムーズに対応できるでしょう。

よくある主な質問例と回答ポイント

税務調査でよくある質問と、適切に回答するためのポイントを解説します。

売上の計上漏れはないか？

売上については、「計上漏れがないか」「正しく計上されているか」が確認されます。

具体的には、「過去3年間の売上推移を教えてください」や「特定の取引先からの売上は計上されていますか」といった質問が考えられます。

この場合、売上記録や伝票、入金記録などにより、適切に売上が計上されていることを証明する必要があるでしょう。

【ポイント】

• 売上台帳や入金記録などの根拠資料を準備しておく
• 取引先が明記されている帳簿を用意しておき、抜けがないことを説明する
• 事業に関係ない売上が計上されていないことを帳簿で証明する

経費に私的なものはないか？

経費については、業務に関連したものであることを証明する必要があります。

以下の領収書やレシートは、プライベートでの利用ではないかと疑われる可能性がありますので、詳しく説明をする必要があるでしょう。

• スーパーやコンビニで買った飲み物や食べ物代
• 旅行に行った時の新幹線やホテル代
• 居酒屋の飲食代
• スニーカーや帽子などの購入費

【ポイント】

• 交際費の内訳を示す資料（取引先との会食記録など）を用意する
• レシートの裏などに従業員の名前や日付などを記載しておき、業務上必要な経費であることを説明する
• 会議の名前や出張先で利用した会場などを詳しく記録しておく

消費税の申告が漏れていないか？

先述したとおり、課税売上高が900万円程度の場合、消費税の納税逃れを疑われる可能性があります。

また、課税売上高が1,000万円以上の場合は、仕入税額控除について正しく計算されているかが問われるでしょう。

具体的には、「売上の計算に誤りはないですか」「仕入税額控除の内訳を教えてください」といった質問が考えられます。そのため、売上や仕入に対する消費税の計算が正しいことや、申告漏れがないことを示す証拠書類を用意する必要があります。

【ポイント】

• 免税事業者の場合は、課税売上高に誤りがないことを説明する書類を用意する
• 売上や仕入に係る消費税の計算過程を説明する資料を用意する
• 仕入税額控除の内訳を示す資料（仕入台帳など）を用意する

税務調査のリスクを回避するには？

税務調査が入ると準備に時間がかかるため、事業主にとって大きな負担となります。事業に影響を及ぼさないためにも、事前に税務調査の対策を講じておくことが重要です。

ここでは、有効な方法を「2つ」紹介します。

顧問税理士をあらかじめ雇っておく

日々の業務に加えて、帳簿を正しく付けたり取引の書類を適切に管理したりするのは、事業者に大きな負担がかかります。

税理士を雇っていれば、日々の経理処理について細かなアドバイスを受けられるため、税務署から疑念を持たれる可能性が低くなるでしょう。

また、税務調査が入ったとしても、顧問税理士がいればより適切に対応できます。

書面添付制度を利用する

申告書を作成する際、相談した内容や確認した事項について、税理士に記録してもらうことができます。その書面と申告書を一緒に提出することを、「書面添付制度」といいます。

たとえば、「経費の計上方法」や「売上高の算出方法」、「減価償却費の計算方法」などについて、税理士の確認事項を書面化することで、申告内容の正確性を証明できます。

この制度を利用すると税理士への意見聴取がおこなわれるため、申告内容の疑問が解消され、税務調査自体を回避できることがあるのです。

税理士への報酬はどれくらいかかる？

税理士に税務調査の立ち会いを依頼する場合の報酬は、依頼する税理士によって異なりますが、一般的には1日3万円～5万円程度が相場です。

通常、税務調査は2〜3日ほどおこなわれますので、合計すると6万円～15万円程度の報酬になることが予想されます。

さらに、税務調査の結果、修正申告の対応が必要になった場合は別途費用が発生します。1期分で5万円前後が一般的ですが、過去にさかのぼって修正が必要になれば、その分報酬が上乗せされます。

なお、顧問契約を結んでいるかどうかによっても、報酬が変わる可能性があります。一般的に、顧問税理士でない場合は報酬が高くなる傾向がありますので、立ち会いを希望する場合は事前に確認するとよいでしょう。

まとめ

この記事では、税理士に税務調査の立ち会いを依頼するメリットやよくある質問、さらには、税務調査のリスクについて詳しく解説しました。

税理士は、税務調査において心強い味方となります。特に、税に関する専門知識の少ない個人事業主にとっては、専門的なアドバイスをもらえたり、税理士に調査官の対応を任せたりすることができるため、安心して税務調査に臨むことができるでしょう。

また、正確なアドバイスを得て、適切に帳簿を管理することで、税務調査自体を回避できる可能性もあります。

税理士に依頼する際は報酬面での負担が生じるため、メリットとデメリットを総合的に判断して、税理士のサポートを依頼するかどうかを検討するとよいでしょう。

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